近3年培养的本专科毕业生共计1300余名，初次就业率超过80.0%，其中本行业就业比例超过90.0%。大部分毕业生就职于生物医药企业，其次是医疗卫生单位、科研院所及高等学校。已有毕业校友成功创办企业或成为了就业单位的中坚力量。2021年，《中国大学生就业》杂志、新职业网等媒体报道水晶宫足球俱乐部毕业生王乙娟扎根基层、服务地方的先进事迹。王乙娟获评全国第四届“闪亮的日子——青春该有的模样”大学生就业创业人物。杰出校友蒋仁生，创办重庆智飞生物制品股份有限公司，自主研发重组蛋白新冠疫苗，荣获全国抗击新冠肺炎疫情民营经济先进个人，并以个人名义向母校捐赠5000万元人民币。麦可思公司对水晶宫足球俱乐部毕业生培养质量评价显示：工作与专业相关度为90%，就业稳定性好，90%以上在基层单位服务，用人单位评价高。
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